本发明公开了一种淀粉蔗糖酶突变体及其制备方法与应用，属于基因工程和酶工程领域。本发明将来源于Deinococcus Geothermalis的蔗糖淀粉酶第399位的甘氨酸突变为丝氨酸，所得淀粉蔗糖酶突变体应用于松二糖的生产。该淀粉蔗糖酶突变体在温度为35℃，初始pH为7.0的条件下得到了松二糖的产率达到32％，是野生酶生产松二糖转化率的2倍。因此，本发明的淀粉蔗糖酶突变体能够应用于松二糖的制备中，使松二糖的转化率得到进一步的提高。