本发明公开了一种基于低共熔溶剂制备Gemini型氨基酸的方法，属于Gemini脂氨基酸类合成领域。本发明制备方法是以脂肪酸、氨基酸为底物，以特定低共熔溶剂为介质，在Amano脂肪酶M的催化作用下直接制得Gemini型脂氨基酸类表面活性剂。本发明方法无需经过氨基酸的保护以及脱保护，且不涉及常用的脂肪酰氯，Gemini型脂氨基酸产物的产率高达59.6％。本发明相对于传统化学合成法具有绿色、安全、选择性高、产率高具有十分重要的潜在应用价值。